En el siglo XVIII, El Real Jardín Botánico de Madrid era una Institución importante para la Corona Española. Con la ilustración europea había crecido el interés por fomentar una ciencia útil y se vio en la botánica y sus aplicaciones un medio para cumplir tales objetivos.

De las principales expediciones, la de Nueva España recorrió México, parte de Centro América y algunas islas del Caribe; la de Perú y Chile viajó por buena parte de Chile, Perú y el sur de Ecuador, y la del Nuevo Reino de Granada, que estuvo a cargo de José Celestino Mutis, estudió parte de Colombia y Ecuador.

Entre los objetivos generales estaban los de clasificar, determinar, describir, dibujar y formar herbarios de plantas, tanto de las existentes como de las que se descubrieran. Pero las expediciones no estuvieron libres de otros objetivos que se fueron dando en el transcurso de ésta: la búsqueda de la quina, el cultivo de la canela, la recolección de metales preciosos y la exploración de posibles fuentes de madera para la construcción naval. Un objetivo claro de las expediciones botánicas antiguas y actuales estuvo atravesado por la etnobotánica, es decir, hablar con la gente local para saber qué utilizaba, para qué, cómo, etc. Nunca se colectaba sin esa información, de ahí que se pudieron conocer especies con efectos psicotóxicos, alimenticios y otros.

Las actividades de la expedición botánica en Colombia estuvieron centradas en Bogotá y sus alrededores, la laguna de Pedro Palo, la Mesa de Juan Díaz, Guaduas Honda y los alrededores de Mariquita.

La Expedición contó, además, con algunos comisionados que residieron y trabajaron en otras zonas; entre ellos el más importante fue Francisco José de Caldas, quien durante 4 años recorrió el actual territorio ecuatoriano recolectando plantas. Llegó a Bogotá en 1808 acompañado por una recua de dieciséis mulas cargadas de materiales de historia natural.

Otros miembros de la Expedición recorrieron el valle alto del río Magdalena. Allí estuvo como primer comisionado Fray Diego García, quién exploró entre La Palma y Timaná y llegó hasta la zona de los Andaquíes. García exploró durante casi cuatro años recolectando animales, muestras minerales, semillas y plantas. En Santander estuvo Eloy Valenzuela quien, durante el primer año, fue subdirector de la Expedición y luego se retiró por problemas de salud. Se estableció en Bucaramanga y desde allí siguió enviando material botánico.