A partir del año 1809 la situación se decantó definitivamente a favor de los patriotas, lo que permitió que Bolívar, desde París y Francisco de Paula Santander, desde Nueva Zelanda empezaran a coordinar acciones conjuntas desde sus áreas de influencia que fomentaran una unidad militar.

Para entonces existía en la Nueva Granada un importante foco de resistencia revolucionaria contra las tropas de Mallarino en los llanos de Río Sucio, zona contigua a los llanos de Apure y Arauca, donde algunos de los revolucionarios neogranadinos más comprometidos se retiraron para resistir la violencia de la Contrarrevolución del comandante militar Sámano como baluarte patriota al mando de Santander, a quien Bolívar ascendió al grado de Brigadier y lo nombró Comandante militar de la División de vanguardia.

Ambos habían elaborado un plan en el que Santander debía preparar la provincia de Casanare, unificar a los guerrilleros del sur y dar informes a Bolívar sobre las tropas españolas para iniciar la invasión de la Nueva Granada.

Junto con los preparativos militares también se realizaban acciones políticas importantes del mandatorio . El 21 de enero de 1819 llegaron a Angostura dos buques británicos, el Perseverance y el Tartare con un cuerpo de voluntario que fue conocido como la Legión Británica para apoyar a Bolívar y el 15 de febrero de 1819, el Libertador reunió el Congreso de Angostura, acontecimiento en el que pronunció una de sus mejores composiciones políticas, el Discurso de Angostura, en el que hacía un análisis crítico de la situación, exponía el rumbo a seguir para fundar la República y anunciaba el proyecto de la Constitución que fue promulgada en 1821.

El resultado de este Congreso fue el nacimiento oficial de la República de Colombia, conocida como la Gran Colombia, mediante la promulgación de la Ley Fundamental de Colombia y cuya extensión abarcó en ese momento los territorios de la Nueva Granada y Venezuela que se dividen políticamente en tres departamentos: Cundinamarca (Bogotá), Venezuela (Caracas) y Quito (Quito).

También el Congreso, proclamó a Bolívar Presidente de la República y a Francisco Antonio Zea como Vicepresidente de forma que «las Repúblicas de Venezuela y la Nueva Granada quedan desde este día reunidas en una sola bajo el título glorioso de República de Colombia».

Mientras tanto, Bolívar seguía preparando la invasión militar de Nueva Granada tratando de mantener los detalles de la campaña en secreto por lo que su duración, características, fecha de inicio y alcance eran datos desconocidos, lo cual contribuía a aumentar el factor sorpresa y la imprevisibilidad del ataque.

Morillo estaba al corriente de la llegada de la Legión Británica a Angostura bajo el mando de James Rooke e intuyó que el siguiente paso lógico de Bolívar sería unir fuerzas con José Antonio Páez, destacado líder rebelde de Los Llanos, por lo que tras analizar la situación decidió atacar el principal reducto rebelde neogranadino en Casanare con tropas al mando del coronel José María Barreiro que fueron hostigadas constantemente por las tropas del Gral Santander mediante tácticas de guerrilla que fueron desgastando a las fuerzas de la Tercera División española.

La llegada de la época de lluvias hizo los caminos intransitables y las operaciones militares difíciles por lo que los españoles decidieron replegarse ante la lógica de que el enemigo haría lo mismo.

Sin embargo, el desarrollo de los acontecimientos hacían presentir lo peor al General Morillo ya que su Ejército expedicionario, exhausto y sin recibir refuerzos desde hacía mucho tiempo, estaba combatiendo contra fuerzas militares eficaces de las que se desconocía su capacidad real.

Es entonces cuando Bolívar realizó una de sus hazañas militares más destacadas, el Paso de los Andes, que realizó en una estación poco propicia y que se consideraba imposible con los medios de la época. El difícil avance de las tropas patriotas se produjo a través del Páramo de Pisba, hasta dar alcance a los realistas el 25 de julio de 1819 en la Batalla del Pantano de Vargas, en la cual la tropa realista finalmente huyó, situación que le permitió a los patriotas llegar a la ciudad de Tunja el día 4 de agosto.

Allí se reúne con las tropas patriotas que estaban bajo el mando de Santander en la población de Tame (actualmente ubicada en el departamento de Arauca), en donde comienza la campaña libertadora de la Nueva Granada, .

El ataque de Bolívar logró sorprender a los españoles que, ante el desastre, intentaron tomar medidas. Barreiro todavía pensaba que podía controlar la situación pero el estado de sus tropas le obligaba estar a la defensiva por lo que decidió replegarse hacia la ciudad de Bogotá donde las condiciones le serían mucho más favorables.

El enfrentamiento decisivo con los realistas se produjo en la Batalla de Boyacá el 7 de agosto de 1819, por medio de la cual se pretendía detener el avance de las tropas leales comandadas por Barreiro hacia la ciudad de Bogotá y que resultó en una gran victoria para Bolívar y el ejército revolucionario.[2]

Cuando el virrey Sámano quien conocía como los demás realistas el decreto de guerra a muerte, se enteró de la derrota, huyó inmediatamente de Bogotá y de esta forma, el ejército libertador entró triunfante a la capital el día 10 de agosto.